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1952年在全國高校院系調整中，北京大學醫學院脫離北京大學，獨立為北京醫學院。1985年更名為北京醫科大學。2000年與北京大學合并，組建了新的北京大學，北京醫科大學成為北京大學醫學部。
北醫前身是國立北京醫學專門學校，創建于1912年10月26日，是中國政府開辦的第一所國立醫學院校。是民國早期九所著名“國立”高校之一。其歷史淵源可以上溯到1903年-1907年之間曾經存在過的京師大學堂醫學實業館。1913年國立北京醫學專門學校首批學生72人，到1917年首批畢業學生共22人。
1923年北京醫學專門學校更名為北京醫科大學，1927年奉系軍閥張作霖率安國軍進入北平，進京后的張作霖改組高等教育，把當時北平“國立”九校合并為“京師大學校”，北醫更名為京師大學校醫科;1928年國民黨的北伐大軍兵臨城下，張作霖離開北京，之后一些高校復校，包括北醫在內未復校的高校成為北平大學的一部分，北醫成為北平大學醫學院。
1937年盧溝橋事變爆發后，北平各高校紛紛西遷南遷，北平大學大部撤離到了古都西安并在那里和北洋大學等華北名校一起組成了西北聯合大學。與此同時，部分未撤離北平的醫學院教師在日占區繼續行醫、教學，并組建了北京大學醫學院，院長為鮑鑒清。太平洋戰爭后北京大學醫學院吸收了美屬北平協和醫學院的部分師資。如林巧稚，諸福堂等均曾在這任過職。有人也把1937-1945年這段時期稱為“偽北京大學”醫學院。
1945年，國民政府教育部決定在國立北京大學、國立浙江大學、國立山東大學和國立武漢大學四所高校設立醫學院。原北京大學醫學院改組為北平臨時大學補習班第六分班，該班連同附屬醫院(北大醫院)再次組成北京大學醫學院。院長為馬文昭。部份原醫學院教授遭解職。而新聘師資中云集了一大批歐美留學博士。這些人代表當時學界最高水平，后來均成為學界泰斗。
